Khảo sát tách chiết DNA từ mẫu phân để giải trình tự gene 16S rRNA hệ vi sinh vật đường ruột

Đặt vấn đề: Sự mất cân bằng hệ vi sinh đường ruột góp phần vào viêm mạn tính, thúc đẩy tiến triển polyp tuyến và ung thư đại trực tràng (UTĐTT). Nghiên cứu nhằm mục tiêu: (1) Đánh giá hiệu quả tách chiết DNA hệ vi sinh đường ruột từ mẫu phân bằng kit QIAamp PowerFecal Pro DNA; (2) Khảo sát hệ vi sinh vật đường ruột ở ba mẫu nghiệm phẩm (được phân lập từ các bệnh nhân polyp tuyến, UTĐTT và người bình thường) bằng kỹ thuật giải trình tự vùng V3 - V4 gene 16S rRNA. Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: 30 mẫu phân (10 chứng, 10 polyp tuyến, 10 UTĐTT) được tách chiết DNA bằng kit QIAamp PowerFecal Pro DNA; mỗi nhóm chọn ngẫu nhiên 1 mẫu giải trình tự để phân tích hệ vi sinh trên hệ thống Miseq (Illumina). Kết quả nghiên cứu: Tách chiết 30 mẫu DNA đạt hiệu suất cao, giá trị trung vị nồng độ DNAlà 252,1 (IQR: 162,0 - 311,9) ng/μL, độ tinh sạch tốt, sản phẩm khuếch đại đặc hiệu (550 bp). Khảo sát được hệ vi sinh vật đường ruột ở ba mẫu cho thấy tỷ lệ ngành Firmicutes/Bacteroidota tăng ở mẫu UTĐTT so với mẫu polyp tuyến và mẫu chứng; chi Prevotella chiếm ưu thế ở mẫu polyp tuyến; các loài Fusobacterium nucleatum, Enterococcus faecalis vàStreptococcus gallolyticus không có ở mẫu chứng nhưng được phát hiện ở mẫu UTĐTT. Kết luận: Chúng tôi đã tách chiết thành công DNA từ mẫu phân, đạt tiêu chuẩn giải trình tự 16S rRNA để phân tích hệ vi sinh vật đường ruột ở bệnh nhân polyp tuyến, UTĐTT.